OK, this'll get me to 100. Got some more ideas for other people's lists.
56) Rampage (Arcade, 1986)
57) Kid Icarus (NES, 1986)
58) Punch Out! (NES, 1987)
59) Donkey Kong Country (SNES, 1994)
60) Banjo-Kazooie (N64, 1998)
61) Legend of Zelda: Link's Awakening (GB, 1993)
62) Double Dragon (Arcade/NES, 1987)
63) Bubble Bobble (NES/GB, 1991)
64) Asteroids (Arcade, 1979)
65) Breakout (Arcade, 1976)
66) Metal Gear Solid 2 (PS2, 2001)
67) Super Smash Bros Melee (GC, 2001)
68) Wolfenstein 3D (PC, 1992)
69) Final Fantasy (NES, 1990)
70) Earthbound (SNES, 1994)
71) Tomb Raider (PS1, 1996)
72) Civilization II (PC, 1996)
73) NBA Jam (Arcade/SNES/GB/Genesis, 1993)
74) NFL Blitz (Arcade/PS1/N64, 1997)
75) Centipede (Arcade, 1981)
76) Duck Hunt (NES, 1985)
77) Missle Command (Arcade, 1980)
78) Paperboy (NES, 1988)
79) Pitfall (Atari, 1982)
80) Oregon Trail (PC, 1985)
81) Where in the World is Carmen Sandiego? (PC, 1985)
82) Super Bomberman (SNES, 1993)
83) Starcraft (PC, 1998)
84) Team Fortress Classic (PC, 1999)
85) Counter-Strike (PC, 2000)
86) Galaga (Arcade, 1981)
87) SimCity (PC, 1989)
88) Super Mario RPG (SNES, 1996)
89) Quake (PC, 1996)
90) Yar's Revenge (Atari, 1982)
91) E.T. - The Extra-Terrestrial (Atari, 1982)
92) Animal Crossing (GC, 2002)
93) Gauntlet (Arcade, 1985)
94) F-Zero (SNES, 1991)
95) Tron (Arcade, 1982)
96) Phantasy (Dreamcast/GC, 2001)
97) Virtua Fighter (Arcade, 1993)
98) Adventure (Atari, 1978)
99) Defender (Arcade/Atari, 1980)
100) San Francisco Rush (Arcade/N64, 1996)